El nombre El Niño, que se aplica al fenómeno climático que causa desastres en la costa del océano Pacífico, se escribe con mayúsculas iniciales y no necesita cursiva ni comillas.
En lo personal, he visto este fenómeno escrito de muchas formas, pero ninguna de la forma correcta.
El nombre español de El Niño está fijado convencionalmente para su uso internacional, y a diferencia de otros fenómenos atmosféricos como los huracanes incluye el artículo, por lo que este se escribe con mayúscula y no se contrae con las preposiciones a y de; por otra parte, la palabra fenómeno se escribe en minúscula, pues no es parte de su denominación, sino que tiene función meramente descriptiva.
El mismo criterio se aplica a la corriente de El Niño, que tampoco necesita comillas ni cursiva y que se escribe con mayúsculas iniciales en El Niño.
[Información tomada de la Funcación del Español Urgente]
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